Se puede clasificar al shinto en tres grandes categorías:
shinto de santuario (jinja shinto), shinto de secta (kyoha shinto) y shinto popular (minzoku shinto).

El jinja shinto es una de las corrientes principales e incluye, dentro de su estructura, al hoy extintoshinto de estado (kokka shinto).

El kyoha shinto es relativamente nuevo y está constituido por 13 sectas principales que se originaran en Japón en el siglo XIX y de muchas otras surgidas luego de la segunda guerra mundial.

Cada una de estas sectas fue organizada, ya por un fundador, ya por un sistematizador, como un cuerpo de doctrina.

El minzoku shinto es un rasgo de las creencias populares japonesas y está estrechamente vinculado con otros tipos de shinto.

Carece de una estructura organizativa formal y de formulación doctrinaria, pero está centrado en la veneración de pequeños ídolos a los costados del camino y en los ritos de cultivo de las familias rurales.

Estas tres variantes se encuentan interrelacionadas: el shinto popular existe como subestructura de la fe shintoísta, en tanto que el seguidor del shinto de secta es usualmente feligrés (ujiko) de algún santuario particular.